Istraživački, obrazovni, izdavački i drugi ciljevi ne mogu se ostvariti u potpunosti bez suradnje s drugim institucijama i pojedincima. Znanstvena suradnja Instituta za migracije i narodnosti ostvaruje se članstvom u međunarodnim organizacijama, istraživačkim mrežama, istraživačkim projektima, komuniciranjem putem časopisa Migracijske i etničke teme te institucijom istraživača posjetitelja.
Institut za migracije i narodnosti aktivno sudjeluje u međunarodnim istraživačkim projektima. Novo područje suradnje uključuje i istraživanje procesa i posljedica priključenja Hrvatske Europskoj uniji. U suradnji s Austrijskim institutom za međunarodne odnose, Institut za migracije i narodnosti sudjeluje u projektu »Jugoistočno proširenje Europske unije – između utopije i "realpolitike"«. Cilj projekta uključuje formuliranje scenarija proširenja Europske unije na europski jugoistok. Pritom će biti evaluirani programatski i institucionalni napori i mjere Unije, kao i njezini implicitni i eksplicitni programi usmjereni ka sprečavanju i kontroli sukoba u jugoistočnoj Europi. Potencijalni sukobi i problemi unutar EU-a povezani s jugoistočnim proširenjem također su obuhvaćeni istraživačkim pitanjima i ciljevima.
Institut za migracije i narodnosti je posredstvom svoje znanstvene savjetnice Silve Mežnarić, u suradnji s profesorom Ottom Feinsteinom (Wayne State University), Heribertom Adamom (Simon Fraser University), Kogile Moodly (University of British Columbia) već 1991. pokrenuo poslijediplomski tečaj »Divided Societies – Podijeljena društva« pri Interuniverzitetskom centru u Dubrovniku. Cilj tečaja bio je okupiti sve relevantne predavače i istraživače s područja etničnosti te koncentrirati i prenijeti raspoloživa znanja i podatke na aktivne mlade istraživače iz regije i svijeta, kao i komparirati etničke sukobe i podjele u različitim dijelovima svijeta. Tečaj je tim zanimljiviji što je i sam započeo u području koje je ponovo postalo relevantno istraživačima etničnosti, nacije, nacionalizma i transnacionalizacije. No zbog rata i opsjedanja Dubrovnika morao je prekinuti rad, kao i cijeli IUC, do 1997. kada je ponovno pokrenut. Od 2000. tečaj »Divided Societies« redovito se održava u travnju u IUC-u Dubrovnik i okuplja sve generacije istraživača i predavača doslovno sa svih kontinenata, kao i poslijediplomske studente i motivirane apsolvente Sveučilišta u Zagrebu, Wayne State Universityja u Detroitu te desetine drugih sveučilišta iz Europe, Kanade, Sjedinjenih Država itd. U radu tečaja aktivno sudjeluju suradnici Instituta za migracije i narodnosti, a redovito ga pohađaju i novaci Instituta. »Divided Societies« jedan je od najposjećenijih i najbolje ocijenjenih tečajeva IUC-a Dubrovnik.
The Association of European Migration Institutions – AEMI – Asocijacija europskih migracijskih institucija – započela je s radom 1989. kao udruga institucija (muzeja, arhiva, dokumentacijskih i istraživačkih centara) skandinavskih zemalja koje se bave migracijskom problematikom. Udruga je formalno osnovana 1991. usvajanjem prvog statuta kao mreža europskih organizacija koje se bave dokumentacijom, istraživanjem i predstavljanjem europskih migracija. Na konferenciji u Stavangeru 2002. trideset članica-institucija predstavljalo je šesnaest europskih zemalja (Danska, Luxemburg, Portugal, Slovenija, Norveška, Finska, Švedska, Poljska, Italija, Sjeverna Irska, Češka, San Marino, Island, Velika Britanija, Francuska, Hrvatska). Institut za migracije i narodnosti pristupio je AEMI-ju 1999. na godišnjem sastanku Udruge u Portorožu. Na taj način AEMI danas predstavlja širok europski forum institucija koje se s različitih aspekata bave pitanjima migracija i iseljeništva, omogućujući putem redovnih godišnjih konferencija međusobno upoznavanje s djelatnošću i aktivnostima pojedinih institucija, međusobnu razmjenu znanja i iskustava, kao i suradnju na pojedinim temama odnosno zajedničkim projektima. Godišnji sastanci sastoje se u pravilu od dva dijela: tematski koncipiranih seminara i radionica te poslovnog dijela. Osim tema pretežito vezanih uz povijest europskog iseljeništva i povratništva, seminari AEMI-ja danas uključuju i problematiku suvremenih migracijskih kretanja unutar Europe i u Europu kao nužno širenje interesa na području istraživanja migracija. Godine 2003. izašao je prvi (tematski) broj AEMI Journal »Emigrant Agents and Return Migration in European History«.
